Az X-Men: Sötét Főnix az X-Men sorozat tizenkettedik része, valamint az X-Men: Apokalipszis (2016) folytatása. Az X-ek eddigi legfenyegetőbb ellenfelükkel néznek szembe: tulajdon társukkal, Jean Greyjel.
A galaxis egy távol bolygója felé tartó űrhajó, a Covenant legénysége felfedez egy gyarmatosítható bolygót, ám nem is sejtik, hogy a paradicsomi hely maga pokol.
Az oslói rendőrség egy eltűnt nő után nyomoz, akinek a sálát egy hóemberen találják meg. Harry Hole nyomozó arra gyanakszik, hogy egy elfeledett sorozatgyilkos a tettes.
Matthew Vaughn filmje időben az eredeti X-Men-sorozat (X-Men - A kívülállók, X-Men 2, X-Men 3 - Az ellenállás vége) előtt játszódik, azok előzményfilmjének tekinthető.